南京大学人工智能生物医药技术研究院依托南京大学“教育部蛋白质与多肽新药工程中心”等国家级平台，是由南京大学和南京江北新区于2019年共同创办的平台型研究机构，由南京碳硅人工智能生物医药技术研究院有限公司具体运营。
研究院主要从事人工智能蛋白质科学、人工智能精准医学、人工智能新药研发。主要致力于开发人工智能和生物医药交叉领域的共性基础技术，引进和培养高层次专业人才，与精准医学和新药研发等产业领域进行深度融合，坚持基础研究和产业转化并重，持续开展原创性研究和创新技术开发，推进产业转化，引领全国生物医药研发企业在生物大数据时代的产业升级。
研究院于2023年5月公开招标采购了省内首台用于公共服务的300kV冷冻透射电子显微镜，该设备预计将于2024年9月交付并安装调试，将为南京大学生命科学学院、医学院提供科研仪器平台服务支持。
研究院及其运营公司共自主投入2198万元用于购买部分设备保障现有平台的运营，现已初步建成人工智能超算平台（20%规划算力）、新药筛选平台（尚未实现自动化）和 GMP中试平台（月产能450万人份）。研究院为广大学生提供了实践锻炼的理想基地，为提升学生创新精神和创业能力提供平台。
研究院与鼓楼医院深度合作，共同开发了标准化的类器官培养技术，测序技术和基于人工智能的多组学整合分析技术。目前以研究院为主导的类器官样本库建设正在持续进行之中，已建成胰腺癌、胃癌、肝癌、胆管癌、乳腺癌类器官等约150例。
2023年10月27日至29日，研究院举办了2023年江苏省生物物理学会年会，同时举办以“生物物理的发展与未来”为主题的学术会议和青年学者论坛。大会有顾宁院士、吴嘉炜等200多名专家学者、数十家企业代表参会。不断集聚创新资源，助力江苏省生物医药产业发展，提升省内生物医药的科研和产业化水平，持续增强新区在生物医药领域科技创新影响力。研究院牵头成立的江苏省生物物理学会为南京大学起到有力的宣传作用，提升了南京大学在生命科学领域内的影响力。
