为进一步贯彻教育部相关文件精神，落实“管办分离”，2025年1月15日学校印发《关于撤销南京大学继续教育管理办公室的通知》（南字发〔2025〕8号），撤销南京大学继续教育管理办公室，相关职能划入南京大学本科生院。

按照《南京大学本科生院职能配置、内设机构和人员编制规定》（南委发〔2024〕228号），由本科生院负责学校非学历教育的归口管理，本科生院内设机构“非学历教育管理中心”。非学历教育管理中心负责全校非学历教育的统筹协调和规范管理，拟定非学历教育发展规划和管理制度，建立风险评估和应急预案机制；立项审批非学历教育项目，管理非学历教育办学合同，规范合同审核、登记、署章、存档流程，审核招生简介、广告宣传等；指导和监督非学历教育办学过程 和办学质量，指导非学历教育办学单位加强师德师风建设；审核和发放非学历教育结业证书并接受社会查询；开展与质量报告、高基报表等相关的非学历教育办学数据统计。